В этом случаи форматировать флешку не стоит.

Все дело в том, что вирус создает директорию с в имени которой есть недопустимые символы которые не вписываются в стандарт 8.3.
Такая папка не отображается ни в одном из файловых менеджеров в независимости от настроек последнего.

Затем вирус переносит настоящие папки в эту скрытую папку.

Я попытаюсь описать по шагам как вынуть файлы и скрытой папки на флешке, которой якобы нет.

Итак начнем.
Наша флека это диск I:\

Чтобы нам увидеть директорию, обратимся за помощью к командной строке.
Жмем WIN+R вбиваем команду CMD и жмем Enter.
Перед нами приглашение командной строки.

Microsoft Windows XP [Версия 5.1.2600]
(С) Корпорация Майкрософт, 1985-2001.

C:\Documents and Settings\User>_

Далее вводим команду
Dir i:\ /x
где :
i – буква вашей флешки
/х – ключ для показа всех файлов

Если все сделано правильно Вы уведите  скрытую папку с названием e2e2~1
Ну вот когда мы знаем название можно на прямую обратиться к ней в менеджере файлов.
Я для простоты использовал Total Commander, просто вбиваете в строку и жмете Enter.
Советы пользователей присланных мне.

1. Также от пользователей был прислан способ с переименованием папки.

В командной строке набираем
ren g:\e2e2~1 111
И переименовываем папку e2e2~1 на флешке в 111 с помощью командной строки (win+r, cmd)

2. Также если у Вас на флешке есть скрытые папки то вам поможет БАТ файл который был предложен одним из пользователей.